Las principales amenazas a la diversidad biológica observadas en la provincia de Córdoba están vinculadas directa o indirectamente a actividades humanas, especialmente las productivas. Entre dichas amenazas se reconocen las siguientes: la destrucción de los hábitats de vida silvestre, la contaminación ambiental, la sobreexplotación de especies y la invasión de especies exóticas. La mayoría de las especies amenazadas, que en general tienen requerimientos de hábitat más estrictos, se enfrentan a por lo menos dos o más de estos problemas, lo que acelera el camino a la extinción y obstaculiza el esfuerzo por protegerlas.
La pérdida o deterioro del ambiente natural nativo, resultado generalmente de la expansión de las actividades productivas humanas sobre áreas silvestres, es considerada la principal causa de disminución de la diversidad biológica. Entre las principales actividades se consideran las siguientes:
La deforestación o pérdida total de la superficie forestal de un área dada conduce a la modificación brusca y extrema del paisaje y del ecosistema y la consecuencia directa es la pérdida del hábitat de muchas especies. En las últimas décadas la declinación de los bosques ha aumentado significativamente en todo el mundo, pero muy especialmente en el Hemisferio Sur, en los países en vías de desarrollo.
Además de la pérdida completa y permanente de grandes superficies continuas de bosques, otra amenaza importante es la fragmentación tanto del bosque como de otros paisajes naturales. Se entiende como fragmentación al proceso a través del cual un gran y continuo paisaje es dividido en dos o más fragmentos remanentes. Éstos tienen, generalmente, superficie reducida y poseen características distintas a aquellas previas a la fragmentación con cambios en el microclima y la composición de la vegetación y la fauna de los bordes. Además, los fragmentos presentan una mayor área de borde y esto limita los procesos de dispersión y colonización de nuevos hábitats por parte de las poblaciones de algunas especies al impedir que los individuos se desplacen a través del área por estar ésta discontinuada, destruida o transformada. De esta manera en el fragmento se produce aislamiento de las poblaciones de fauna.
Otra de las causas que aceleran los procesos de degradación del hábitat son los incendios sobre áreas silvestres ya que el fuego destruye la biomasa vegetal, suprime el desarrollo de vegetación leñosa y remueve la capa superior de hojarasca. Al mismo tiempo, genera espacios abiertos donde pueden establecerse nuevos individuos que darán paso a las diversas etapas sucesionales de las comunidades vegetales y animales. En síntesis, los incendios producen un fuerte impacto sobre el área afectada y sus adyacencias, modelando el paisaje a distintas escalas y provocando con frecuencia cambios definitivos e irreversibles en los sistemas naturales y sociales. Constituyen un problema ampliamente extendido en Sudamérica y particularmente grave en Córdoba, como es de público conocimiento, por lo que se debe generar conciencia en los jóvenes sobre este flagelo.
La pérdida de hábitat de especies nativas originada por los factores mencionados arriba produce una disminución abrupta de la biodiversidad. Las especies que se extinguen por esta causa son recursos de gran valor (alimentos, banco de genes, fuentes de compuestos químicos aplicables a la medicina, etc).
Córdoba es la provincia argentina donde el proceso de deforestación está más acentuado seguida por Santiago del Estero y Salta. En la última década, junto con el incremento de las superficies cultivadas, Córdoba perdió el 30% de sus bosques nativos ubicados principalmente en las sierras. De los 10 millones de hectáreas de bosques que había hace un siglo sólo queda un 12 por ciento y, peor aún, en la zona serrana sólo resta el 2 por ciento de la superficie boscosa original. La deforestación de los bosques de montaña destruye esa "fábrica de agua" natural que son las sierras, que actúan como "esponjas" que absorben el agua y la van liberando a lo largo del año. En contraste, las superficies deforestadas permiten que el agua de lluvia escurra rápidamente, impidiendo la retención del fluido y provocando posteriores sequías. Las principales organizaciones científicas y ecologistas coinciden en la necesidad de establecer con urgencia inmediata un plan de ordenamiento territorial y una ley de bosques que prohíba la deforestación por un periodo suficiente para permitir la recuperación natural de los ecosistemas.
Mucho más antiguas son las alteraciones de la vegetación natural y sus consecuencias en la fauna, de las Llanuras Pampeana y del Espinal debido a las prácticas agrícolas y ganaderas. En estas ecorregiones, la vegetación original sólo persiste en sitios con limitaciones para la agricultura como bajos con suelos salino-alcalinos y lomas medanosas, en lugares protegidos, a orillas de ferrocarriles, caminos o pequeñas superficies excepcionalmente menos modificadas.
La más sutil y universal forma de degradación ambiental es la contaminación causada comúnmente por pesticidas y otros compuestos químicos, aguas residuales, emisiones de fábricas y de automóviles, etc. Los efectos de la contaminación en la calidad del agua, aire y suelo también conducen a la degradación de los hábitats y pérdida de diversidad biológica.
La contaminación por pesticidas actúa de manera especial sobre las cadenas tróficas y es particularmente grave porque el contaminante aumenta su concentración a medida que se asciende en el nivel trófico (biomagnificación). Este tipo de contaminación está asociado a la tecnificación de la agricultura y a la expansión de la frontera agrícola. Existen una gran variedad de productos, que de acuerdo con la especie plaga o perjudicial a combatir, pueden clasificarse en: a) Insecticidas; b) herbicidas; c) fungicidas y bactericidas; c) rodenticidas y d) acaricidas.
Por otro lado, la contaminación del agua, tiene consecuencias negativas en la diversidad de especies acuáticas. Los ríos, lagos y océanos generalmente son usados como drenajes en la gran mayoría de los asentamientos humanos y por la industria, cuyos vertidos ocasionan eutrofización.
Los efectos ambientales negativos de la contaminación sobre la fauna local son amplios. La contaminación puede ser:
a) Directa: cuando el agente contaminante actúa sobre el organismo, afectándolo inmediatamente.
b) Indirecta: el agente contaminante se incorpora a las cadenas tróficas en la forma de residuos tóxicos, los que se van concentrando en los niveles tróficos superiores y se difunden por el ecosistema actuando a largo plazo y a veces a grandes distancias del lugar de aplicación.
El hombre utiliza la fauna nativa para la obtención de mascotas, carne, plumas, lana, cuero u otros derivados que se utilizan para satisfacer sus necesidades de alimento, vestimentas y esparcimiento, entre otros. De acuerdo a ello la caza puede ser comercial (para uso en marroquinería o venta como mascotas), de subsistencia o deportiva.
El comercio de fauna silvestre pone de manifiesto dos problemas importantes en la conservación de las especies: 1. La ignorancia e indiferencia de las personas que atrapan y comercializan ilegalmente a los animales y 2. La indiferencia de las personas que los compran. Ambos aspectos están asociados a la situación de pobreza en que se encuentran las familias que obtienen ganancias económicas, en general magras, a partir de ese tipo de utilización de la fauna. Por otro lado, la caza deportiva sobre especies silvestres no suele respetar las vedas establecidas por los organismos de control y contribuye a la declinación y riesgo de extinción de las poblaciones de las especies de interés.
Una especie exótica es aquella que se encuentra fuera del área que corresponde a su distribución original o nativa (histórica o actual) y cambia su potencial de dispersión natural. En general, es introducida por el hombre y esta acción modifica su distribución natural definida por barreras abióticas y bióticas (capacidad de dispersión, provisión de alimento, presencia de depredadores, entre otros). Estas especies exóticas, pueden convertirse en invasoras y ocasionar graves alteraciones en la fauna local.